A los efectos de su elaboración debe de distinguirse dentro de los PHC según que la respectiva cuenca sea intra o intercomunitaria, es decir, que sus aguas discurran íntegramente por el territorio de una Comunidad Autónoma o que, por el contrario, discurran por el de más de una de aquéllas.

En el primer caso el Plan se elabora por la Administración hidráulica autonómica. En el segundo caso por la administración estatal, personificada en la Confederación Hidrográfica correspondiente (art. 41.1 de la LA).

En ambos casos, sin embargo, la aprobación corresponde al Consejo de Ministros mediante Real Decreto, aunque el alcance de dicha operación es distinto según el ámbito de la respectiva cuenca.

Así, en el caso de cuenca intracomunitaria, la aprobación del PHC tiene un carácter reglado, es decir, de obligatorio otorgamiento siempre que se cumplan los requisitos establecidos por la legislación aplicable.

Por su parte, en el caso de cuenca intercomunitaria, la aprobación se proyecta en un control no sólo de legalidad, sino también de oportunidad (art. 38.6 de la LA).